價值投資者對於企業基本面的分析一般會包括相關的經濟層面、行業層面和企業層面。這三個層面是一個體系龐大、內容繁雜的集合。一般的分析是不可能窮盡每一個層面的所有影響因素，這一點也就決定了基本面的分析是有較大侷限性的。作爲能力和精力均有限的個人投資者只能選擇非常有限的範圍和有限的投資標的數量。也就是價值投資界所強調的在自己能力圈內進行充分的基本面分析，這種充分的分析由於收集素材的準確性、影響因素的全面性和個人分析能力的差異性等原因，使得分析所得出的結論肯定有一定的偏差，有時證明甚至是錯誤的。這是不是說基本面分析是無用的，甚至是有害的呢?回答是否定的。從著名的價值投資大師到衆多價值投資成功人士的實踐證明:只要在自已能力圈內堅持用基本常識和商業邏輯的思維模式開展分析，其分析結論的準確性還是非常高的，實踐結果的成功率也是非常高的。如果在上述限定的條件基礎上做得不成功，甚至失敗，從個人教訓分析，一般是在分析過程中出現了以下幾個問題:
1.過於樂觀。對於一個行業，投資者第一個反應的問題是:它是新興行業還是傳統行業?是消費類行業還是非消費類行業?等等。大家就會根據不同行業歷史平均市盈率、市淨率、市銷率等高低初步判斷股價是高是低的。這樣市場對樂觀行業的市盈率等就會給得高一些，悲觀行業的市盈率等就會給得低一些。根據市盈率、市淨率、市銷率等分析判斷股價高低，實際上也是價值投資估值的過程。特別是牛市狂熱時期，有些行業，特別是快速發展的新興行業和高科技行業的市盈率就會成爲“市夢率”。2007 年下半年A股中的高科技股、金融概念股、鋰電池概念股、稀土概念股等瘋狂暴漲，市盈率和市淨率等達到了一個歷史難以企及的高點。再如美國的可口可樂、喜詩糖果、吉列刀片、蓋可保險、富國銀行和運通公司等成就了巴菲特，中國的一隻貴州茅臺不知成就了多少中國投資名家和一般投資者。這些都在股票投資者腦海中打下了深深的烙印。價值投資者也會被這種歷史記憶影響，進而影響他們的投資偏好，按圖索驥搜尋投資品類。食品、飲料、酒水等消費類股票必定是價值投資者的首選，金融、醫藥、醫療、資源等類股票必定是價值投資者的重倉股。從事實上看，這些行業中的優秀企業確實是價值投資者比較集中的地方。對於這些行業價值投資者容易產生過於樂觀情緒和投資過於隨便的問題，這種隨便的操作一般結果就是安全空間不大，甚至沒有安全空間可言。對於再優秀的行業企業，不能過於樂觀，更不能放寬你對安全空間的苛刻要求。
2.遷就勉強。一是在鎖定、追蹤心儀已久的優秀企業的過程中，爲了證明自己選擇的正確性，容易產生急躁情緒，天天盼望購人機會的到來，那怕這隻股票股價或大盤指數只做一點兒小幅度的調整，就會認爲是個好機會，迅速大量買入;二是曾經的優秀企業本身在經營過程中出現一些問題，在未弄清出現問題的原因、性質、危害時，放鬆約束、放寬標準;三是優秀的企業表現仍然優秀，股市同樣也表現優秀(高漲)，眼裏只有優秀企業的光環，耳邊只有股市摧人買進的噪音，你仍會欣慰物有所值地買人了優秀企業的股票，而將價值投資信奉的“好股價”原則拋到了九宵雲外。
3.以偏概全。這種基本面分析的問題主要表現在缺乏整體性、系統性和全面性。首先，偏重企業的閃光點，而忽視一些影響較大的問題。如分析高速公路公司時，看到的是地域壟斷、現金流穩定、盈利水平高等，但沒有看到，或是忽略了絕大多數高速公路公司國企的本質，冗員太多、效率太低等問題。更爲重要的問題是，很多地方政府和交通管理部廣]把上市高速公路公司當成了廉價融資的平臺，以圈錢爲能事，大肆修建高價的、低效的和帶有公益性質的高速公路，根本不會考慮股市小股東的利益。還有就是基本同路徑高速公路和鐵路的建設，將產生的車流、人流的分流影響的不確定性;其次，對有利的因素放大，對不利因素縮小。比如，電訊行業2009年元月在TD- SCDMA. CDMA2000. WCDMA的3G發牌中，中國聯通發放了一張最好的牌照WCDMA。當時大家都看好聯通會因此有一個根本的變化。三年雖然變化是有一點兒，但聯通集團經營管理與移動巨大的差距仍未得到有效的縮小，反而移動目前正跨越式的即將躍上TD- LTE (4G)臺階(工信部可能在2013年發放牌照)。另外，就是三年來3G鉅額的資金投人發生的財務費用、終端補貼和折舊費用等。一個技術多變、資金密集型的行業，無論其前景多麼誘人，作爲一個價值投資者來說，一定要三思而後行，最好還是學習巴菲特、彼得·林奇等投資大師，敬而遠之，退避三舍。
4.相對膚淺。1. 市場調查走馬觀花。作爲一個散戶，按彼得.林奇的說法，要對自己身邊的事情留心，留心身邊的股票投資機會。特別是我們生活中衣食住行等涉及的上市公司，要觀察、體驗、訪問等，但我們一般只停留在貨架上、廣告牌上和電視廣告上等，沒有進一步與售貨服務員交談，與同類商品進行比較，更不會與企業聯繫調查。②分析單一。比如對參股金融、證券等企業，簡單換算參股比例和價格，再參考企業本身股票價格。如果參股的企業股票價格高，你就容易錯誤地判斷:純參股的價格與企業股票價格相當，甚至更高一些，此時買人有很好的安全空間。這時你實際上是錯誤地把參股企業的股票價格(你可能會辯稱爲市場公允價值)當成了價值，這種分析肯定不會得到滿意的投資結果。這時你要進一步分析判斷:所參股企業的股票價格到底安全空間有多大?這個安全空間的大小直接影響到你將要買人股票的正確估值。③缺乏綜合分析。一般情況下，對於要投資的標的股票，部分價值投資者並未對企業做長期的跟蹤考察，而是臨時抱佛腳的用市盈率、市淨率等大概算一算、估一估，並未用長期(起碼是三年以上吧)銷售增長、利潤增長、現金淨流情況、毛利率、存貨週轉率、應收款情況等財務指標綜合分析、比較、印證。這樣較爲充分的分析纔會有一定的深度，纔會相對的客觀，結論的正確性也會大大提高。
5.能力圈限制不嚴。每一個人的能力圈不是靜態的一成不變，而是一個動態的狀況。但對我們部分非專業投資的人士，容易受市場誘惑，這山看着那山高，自覺不自覺地走出能力圈。離開自己職業所處的熟悉行業，離開自己日常生活緊密接觸的行業，離開自己通過學習瞭解的行業，只因預測前景燦爛而一頭扎進所謂專家或業內人士瞭解的行業。比如前兩年瘋狂炒作的稀土概念股，有多少人知道稀土是什麼?它含多少種元素?怎樣開採加工?不同元素有哪些用途領域?商業盈利模式是怎樣的?超出能力圈，僅憑一個模糊的概念購買股票，無異於緣木求魚。