价值投资者对于企业基本面的分析一般会包括相关的经济层面、行业层面和企业层面。这三个层面是一个体系庞大、内容繁杂的集合。一般的分析是不可能穷尽每一个层面的所有影响因素，这一点也就决定了基本面的分析是有较大局限性的。作为能力和精力均有限的个人投资者只能选择非常有限的范围和有限的投资标的数量。也就是价值投资界所强调的在自己能力圈内进行充分的基本面分析，这种充分的分析由于收集素材的准确性、影响因素的全面性和个人分析能力的差异性等原因，使得分析所得出的结论肯定有一定的偏差，有时证明甚至是错误的。这是不是说基本面分析是无用的，甚至是有害的呢?回答是否定的。从著名的价值投资大师到众多价值投资成功人士的实践证明:只要在自已能力圈内坚持用基本常识和商业逻辑的思维模式开展分析，其分析结论的准确性还是非常高的，实践结果的成功率也是非常高的。如果在上述限定的条件基础上做得不成功，甚至失败，从个人教训分析，一般是在分析过程中出现了以下几个问题:
1.过于乐观。对于一个行业，投资者第一个反应的问题是:它是新兴行业还是传统行业?是消费类行业还是非消费类行业?等等。大家就会根据不同行业历史平均市盈率、市净率、市销率等高低初步判断股价是高是低的。这样市场对乐观行业的市盈率等就会给得高一些，悲观行业的市盈率等就会给得低一些。根据市盈率、市净率、市销率等分析判断股价高低，实际上也是价值投资估值的过程。特别是牛市狂热时期，有些行业，特别是快速发展的新兴行业和高科技行业的市盈率就会成为“市梦率”。2007 年下半年A股中的高科技股、金融概念股、锂电池概念股、稀土概念股等疯狂暴涨，市盈率和市净率等达到了一个历史难以企及的高点。再如美国的可口可乐、喜诗糖果、吉列刀片、盖可保险、富国银行和运通公司等成就了巴菲特，中国的一只贵州茅台不知成就了多少中国投资名家和一般投资者。这些都在股票投资者脑海中打下了深深的烙印。价值投资者也会被这种历史记忆影响，进而影响他们的投资偏好，按图索骥搜寻投资品类。食品、饮料、酒水等消费类股票必定是价值投资者的首选，金融、医药、医疗、资源等类股票必定是价值投资者的重仓股。从事实上看，这些行业中的优秀企业确实是价值投资者比较集中的地方。对于这些行业价值投资者容易产生过于乐观情绪和投资过于随便的问题，这种随便的操作一般结果就是安全空间不大，甚至没有安全空间可言。对于再优秀的行业企业，不能过于乐观，更不能放宽你对安全空间的苛刻要求。
2.迁就勉强。一是在锁定、追踪心仪已久的优秀企业的过程中，为了证明自己选择的正确性，容易产生急躁情绪，天天盼望购人机会的到来，那怕这只股票股价或大盘指数只做一点儿小幅度的调整，就会认为是个好机会，迅速大量买入;二是曾经的优秀企业本身在经营过程中出现一些问题，在未弄清出现问题的原因、性质、危害时，放松约束、放宽标准;三是优秀的企业表现仍然优秀，股市同样也表现优秀(高涨)，眼里只有优秀企业的光环，耳边只有股市摧人买进的噪音，你仍会欣慰物有所值地买人了优秀企业的股票，而将价值投资信奉的“好股价”原则抛到了九宵云外。
3.以偏概全。这种基本面分析的问题主要表现在缺乏整体性、系统性和全面性。首先，偏重企业的闪光点，而忽视一些影响较大的问题。如分析高速公路公司时，看到的是地域垄断、现金流稳定、盈利水平高等，但没有看到，或是忽略了绝大多数高速公路公司国企的本质，冗员太多、效率太低等问题。更为重要的问题是，很多地方政府和交通管理部广]把上市高速公路公司当成了廉价融资的平台，以圈钱为能事，大肆修建高价的、低效的和带有公益性质的高速公路，根本不会考虑股市小股东的利益。还有就是基本同路径高速公路和铁路的建设，将产生的车流、人流的分流影响的不确定性;其次，对有利的因素放大，对不利因素缩小。比如，电讯行业2009年元月在TD- SCDMA. CDMA2000. WCDMA的3G发牌中，中国联通发放了一张最好的牌照WCDMA。当时大家都看好联通会因此有一个根本的变化。三年虽然变化是有一点儿，但联通集团经营管理与移动巨大的差距仍未得到有效的缩小，反而移动目前正跨越式的即将跃上TD- LTE (4G)台阶(工信部可能在2013年发放牌照)。另外，就是三年来3G巨额的资金投人发生的财务费用、终端补贴和折旧费用等。一个技术多变、资金密集型的行业，无论其前景多么诱人，作为一个价值投资者来说，一定要三思而后行，最好还是学习巴菲特、彼得·林奇等投资大师，敬而远之，退避三舍。
4.相对肤浅。1. 市场调查走马观花。作为一个散户，按彼得.林奇的说法，要对自己身边的事情留心，留心身边的股票投资机会。特别是我们生活中衣食住行等涉及的上市公司，要观察、体验、访问等，但我们一般只停留在货架上、广告牌上和电视广告上等，没有进一步与售货服务员交谈，与同类商品进行比较，更不会与企业联系调查。②分析单一。比如对参股金融、证券等企业，简单换算参股比例和价格，再参考企业本身股票价格。如果参股的企业股票价格高，你就容易错误地判断:纯参股的价格与企业股票价格相当，甚至更高一些，此时买人有很好的安全空间。这时你实际上是错误地把参股企业的股票价格(你可能会辩称为市场公允价值)当成了价值，这种分析肯定不会得到满意的投资结果。这时你要进一步分析判断:所参股企业的股票价格到底安全空间有多大?这个安全空间的大小直接影响到你将要买人股票的正确估值。③缺乏综合分析。一般情况下，对于要投资的标的股票，部分价值投资者并未对企业做长期的跟踪考察，而是临时抱佛脚的用市盈率、市净率等大概算一算、估一估，并未用长期(起码是三年以上吧)销售增长、利润增长、现金净流情况、毛利率、存货周转率、应收款情况等财务指标综合分析、比较、印证。这样较为充分的分析才会有一定的深度，才会相对的客观，结论的正确性也会大大提高。
5.能力圈限制不严。每一个人的能力圈不是静态的一成不变，而是一个动态的状况。但对我们部分非专业投资的人士，容易受市场诱惑，这山看着那山高，自觉不自觉地走出能力圈。离开自己职业所处的熟悉行业，离开自己日常生活紧密接触的行业，离开自己通过学习了解的行业，只因预测前景灿烂而一头扎进所谓专家或业内人士了解的行业。比如前两年疯狂炒作的稀土概念股，有多少人知道稀土是什么?它含多少种元素?怎样开采加工?不同元素有哪些用途领域?商业盈利模式是怎样的?超出能力圈，仅凭一个模糊的概念购买股票，无异于缘木求鱼。