每次基於策略的證券買賣都會產生交易成本。交易越頻繁，交易成本對策略的盈利影響就越大。交易成本不僅包括經紀商收取的佣金，還包括流動性成本一當你以市場價格買賣證券時，要支付買賣差價。如果你採用限價指令買賣證券，確實可以避免流動性成本，但卻要承擔機會成本。因爲限價指令可能不被執行，並因此錯失了交易的潛在盈利。同樣，如果你買賣大筆證券，不可能在不影響價格的情況下完成整個交易。(有時，僅僅是出現大額的買單，哪怕尚未實際買入一股股票之前，就能拉高股票價格！)這種由自身指令所引起的市場價格變動效應被稱爲“市場衝擊”。當證券流動性不好時，它往往會是交易成本的大頭。
最後，由於互聯網或各種軟件的滯後，指令通過程序傳送給經紀商的時刻，與指令在交易所被執行的時刻之間存在滯後。這種滯後會造成“滑價”，即觸發指令的價格和執行價格之間的差。當然，滑價有正有負，但平均來說，對交易員是成本而不是收益。(如果你覺得滑價是收益，我建議你修改程序，在發送指令的時候，故意延遲幾秒鐘!）
不同證券的交易成本相差也很大。如果你的指令規模不比最佳買賣報價的平均規模大很多，交易成本通常可以用平均買賣差價的一半再加上佣金來估計。例如，標準普爾500指數成分股的平均交易成本(不考慮佣金，這取決於你的經紀商)大約是5個基點(即萬分之五)。這裏，對一個交易循環中的買入和賣出計作兩次交易成本。一個先買後賣的來回交易被視作兩筆交易，因此，這個例子中的一個來回交易的成本是10個基點。E-迷你標準普爾500期貨合約的交易成本大約是1個基點。有時，策略的作者會說明他們的回測業績中考慮了交易成本，但更多時候並不會這麼做。如果沒有說明，你就得假設回測結果沒有考慮交易成本，從而得判斷在考慮成本後策略是否仍然有效。
交易成本影響策略的一個例子是，E-迷你標準普爾500期貨合約的簡單均值迴歸策略。這項策略基於布林線指標：每當價格超過移動平均值的正負兩個標準差時，相應賣空或者買入。當價格回到移動平均值的正負一個標準差之內時清倉。如果允許每5分鐘建倉和清倉一次，你會發現不計交易成本時夏普比率大約爲3—當然非常出色！不幸的是，如果扣除1個基點的交易成本，夏普比率則變成了—3，變成了完全無利可圖的策略。